Auf den Konsolen der Nintendo DS-Reihe ist Johto zum ersten Mal zugänglich. Die Spieler können Hunderte von Pokémon fangen und den neuen per Touchscreen bedienbaren Pokédex nutzen. Sie haben auch außerhalb der Wettkämpfe die Möglichkeit, mit ihren Pokémon zu interagieren, indem sie eines aus ihrem Team auswählen, das sie überall hin begleitet.